Shadow Empire to połączenie 4X i gry wojennej, osadzona w postapokaliptycznym uniwersum science-fiction. Gracze wcielają się w przywódców niewielkich nacji, których celem jest odzyskanie kontroli nad zniszczoną planetą po upadku galaktycznej republiki.

Rozgrywka opiera się na proceduralnie generowanych światach, co zapewnia zróżnicowane doświadczenia w każdej rozgrywce. Poza aspektami militarnymi, gra skupia się na zarządzaniu dyplomacją, gospodarką, infrastrukturą oraz rozwojem technologicznym. Kluczowy jest również element RPG związany z zarządzaniem liderami o specyficznych umiejętnościach i cechach charakteru, a także z równoważeniem oczekiwań ludności i klasy rządzącej. Gra pozwala także na projektowanie własnych jednostek militarnych i eksplorację ponad stu dziedzin technologii.

Większość akcji dyplomatycznych oraz wiele efektów w innych dziedzinach (jak polityka wewnętrzna i armia) realizowana jest poprzez system kart, który stanowi ważne narzędzie interakcji z otoczeniem.

Ważną rolę odgrywa również logistyka — sprawne zarządzanie łańcuchem dostaw i siecią transportową ma wpływ zarówno na skuteczność działań wojskowych, jak i na funkcjonowanie gospodarki oraz zaopatrzenie regionów.